磁石校名声越来越响，教学质量越来越高，却随之迎来了新的问题。与传统公立学校相比，磁石校倒是努力减少了学生中少数族裔和多数族裔之间数量的悬殊，但磁石学校其他方面却也和普通公立学校拉开了距离：磁石校几乎没有贫困生，很少有学生够资格申请免费早、午餐的，双亲家庭学生多，学生父母大学以上学历的多，父母都有工作的多……就连花在每位学生身上的钱，也比传统公立学校多。
原本磁石校只是公立学校的一个分支，地方财政在拨款时并不另眼相待，但磁石校能拿到一些公司企业的赞助或捐赠，有的还能从州政府手中领取反种族隔离基金，联邦基金里也有支持磁石校的款项。
因为以上现象，磁石校在为自己“吸”出名声的同时，也“吸”来了种种指责。一方面它为学生提供了可选择的免费公共教育，起到教学带头校、示范校的作用，一定程度上提高了某些传统教育重灾区的教学水平，但另一方面磁石校吸走了自己所在学区，甚至邻近学区其他公立学校的各类尖子生，卷走了这些学校的辩论队、校报编辑、乐队首席……甚至抢走了一些本该公立学校所有的共享资源，让其他学校羡而生妒。它在努力消弭种族隔离的同时，也发展出了一种新的隔离：不同学习能力之间的隔离，因为最聪明、学习成绩最好的学生，往往被吸进了磁石校的校园。
加之磁石校将大部分申请人拒之门外，很难分辨清楚，哪些人群应该是而哪些又真正是磁石校的受益者。
既然在招生时就挑挑拣拣，用成绩高低、个人行为和表现的好坏等作为录取标准，低收入家庭学生、母语非英语的学生、残障学生的比例都比相邻的公立学校低，那么磁石校还是为了全体纳税人而设立的公立学校吗?在公立教育体系中，呵护这样一批“特权者”，有必要吗?既然公立学校中的磁石校“效用”这么明显，为什么不把所有公立学校通通改成磁石校?明眼人会发现，这些指责均不涉及磁石校的教学质量。当然，磁石校的学生、家长是不会提出上述质问的。
尽管如此，磁石校的申请人数依旧巨多，它的申请人数是实际学生人数的十倍以上。要想成为他们中的一员，需要查清具体的校区和它们的具体招生要求。前面已经提到，大约1/3的磁石校录取标准是成绩高低;其他还有“邻里优先”、“先到先收”、“抽签决定”、“低收入家庭学生优先”等录取标准。“邻里优先”指的是某些磁石校，允许自己所在学区的学生不参加其他甄选，直接入读。选择这样的磁石校，只需搬入相应学区。“先到先收”这个标准就需要申请人要尽早与校方联系、尽早递交申请表了。如遇到“抽签决定”，只好多递交几次申请，乞求上天垂怜能“抽”到你了。
家长学生在艳羡磁石校超越邻校教学质量的同时，还要清楚认识到，这类学校的学习压力和同学间竞争的激烈程度，也超越邻校。笔者有位熟人的女儿，考进了马里兰州蒙哥马利县的一所校内磁石校，成为全县海选出的100名优秀生之一，但开学不久他们就后悔了。如仍在原来的高中，她能比较轻松地保持住尖子生的地位，但在新的学校，要当尖子里的尖子，难度可想而知。
此外，磁石校多样化的族裔构成、学校离家较远也是需要考虑的因素。并且，它们提供的课程内容和教学安排，也不一定适合所有学生。
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